Среди целей деятельности Ассоциации – содействие всестороннему развитию факультета, взаимодействие выпускников на благо развития науки, медицины и российского общества, представление и защита профессиональных интересов членов Ассоциации.

20 апреля 2026 г. в конференц-зале учебного корпуса Университетской клиники МНОИ МГУ состоялось учредительное собрание Ассоциации выпускников ФФМ МГУ. По результатам собрания принят Устав Ассоциации, а также избраны руководящие органы. Президентом Ассоциации стала О.М. Ларина, выпускница факультета фундаментальной медицины 2004 г. Также избраны члены Правления Ассоциации: Воронцова М.В., Полушкин В.Г., Ефименко А.Ю., Еремина О.В., Щербакова Л.Н., Банзелюк Е.Н., Таратина О.В., Фабричнова А.А., Камалов Д.М.